В начале 90-х артист женился на девушке по имени Алиса, которая впоследствии родила ему сыновей Алексея и Матвея. В 2006-м супруги развелись. Причиной расставания пары стало новое любовное увлечение Алексея Кравченко.
В свое время артист потерял голову от любви к дочери актера Льва Борисова, Надежде. Чтобы быть рядом с ней, Алексей Евгеньевич принял тяжелое для себя решение уйти из семьи. От такого шага его не остановила даже беременность Алисы, которая в то время находилась в ожидании второго сына.
«Надя понимала, что я не могу без нее. Она положила руку на меня и сказала, что все должно идти своим чередом. Наступил такой день, когда я понял: либо я ухожу, либо навсегда теряю Надю. У меня с Алисой состоялся разговор, она его стойко восприняла. И рано утром я уехал. Машину, квартиру — все имущество остаивл Алисе и детям. Так бы поступил нормальный мужчина. К Надежде приехал на стареньком авто с небольшой сумкой с вещами. Это все, что у меня было», — разоткровенничался 51-летний актер на передаче «Судьба человека» с Борисом Корчевниковым.